El Instituto se estructura en siete subdirecciones territoriales, cada una de ellas con sus respectivas áreas de patología forense y de clínica medico legal.

El ámbito territorial de sus subdirecciones es el siguiente:

• Subdirección territorial de A Coruña, cuyo ámbito de actuación comprende los partidos judiciales de A Coruña, Betanzos, Carballo y Corcubión.
• Subdirección territorial de Ferrol, que comprende los partidos judiciales de Ferrol y Ortigueira.
• Subdirección territorial de Santiago de Compostela, para los partidos judiciales de Arzúa, A Estrada, Lalín, Muros, Negreira, Noia, Ordes, Padrón, Ribeira y Santiago de Compostela.
• Subdirección territorial de Lugo, con ámbito de actuación en toda la provincia de Lugo.
• Subdirección territorial de Ourense, con ámbito de actuación en toda la provincia de Ourense.
• Subdirección territorial de Pontevedra, cuyo ámbito de actuación son los partidos judiciales de Caldas de Reis, Cambados, Cangas, Marín, Pontevedra y Vilagarcía de Arousa.
• Subdirección territorial de Vigo, que comprende los partidos judiciales de Vigo, Ponteareas, Redondela, O Porriño y Tui