O Instituto estrutúrase en sete subdireccións territoriais, cada unha delas coas súas respectivas áreas de patoloxía forense e de clínica medico legal.

O ámbito territorial das súas subdireccións é o seguinte:

• Subdirección territorial da Coruña, cuxo ámbito de actuación comprende os partidos xudiciais da Coruña, Betanzos, Carballo e Corcubión.
• Subdirección territorial de Ferrol, que comprende os partidos xudiciais de Ferrol e Ortigueira.
• Subdirección territorial de Santiago de Compostela, para os partidos xudiciais de Arzúa, A Estrada, Lalín, Muros, Negreira, Noia, Ordes, Padrón, Ribeira e Santiago de Compostela.
• Subdirección territorial de Lugo, con ámbito de actuación en toda a provincia de Lugo.
• Subdirección territorial de Ourense, con ámbito de actuación en toda a provincia de Ourense.
• Subdirección territorial de Pontevedra, cuxo ámbito de actuación son os partidos xudiciais de Caldas de Reis, Cambados, Cangas, Marín, Pontevedra e Vilagarcía de Arousa.
• Subdirección territorial de Vigo, que comprende os partidos xudiciais de Vigo, Ponteareas, Redondela, O Porriño e Tui.